內設機構：辦公室（黨委辦公室）（正處級）、綜合業(yè)務處（正處級）、查檢處（正處級）、稽查處（正處級）、物流監(jiān)控處（正處級）、人事政工處（黨委組織宣傳部）（正處級）

下設機構：喀什海關駐機場辦事處（正處級）

工作職責：承擔轄區(qū)內進出口商品、運輸工具、郵件及人員的征稅、監(jiān)管、緝私、出入境檢驗檢疫、統(tǒng)計等工作；承擔喀什海關干部隊伍管理、基層黨建、準軍事化建設、宣傳思想文化等工作。根據(jù)總關黨委授權，承擔喀什區(qū)域內干部交流、財務管理、綜合保障等工作；承辦南疆四地州和巴音郭楞蒙古自治州企業(yè)管理和稽核查工作。完成烏魯木齊海關交辦的其他工作。