邕州海關(guān)是受南寧海關(guān)直接領導，按授權(quán)負責指定口岸和區(qū)域范圍內(nèi)海關(guān)各類管理工作的正處級隸屬海關(guān)。邕州海關(guān)管轄范圍為南寧市除南寧空港、南寧國際郵件互換局、南寧綜合保稅區(qū)外的各項海關(guān)管理工作。主要職責是：

（一）貫徹落實黨中央關(guān)于海關(guān)工作的方針政策，貫徹落實黨中央、國務院各項決策部署和中央領導同志重要批示指示精神，貫徹落實海關(guān)總署、廣西自治區(qū)黨委政府各項決策決議和署領導、廣西自治區(qū)領導批示要求，組織實施南寧海關(guān)黨委各項決議、關(guān)領導批示等。

（二）執(zhí)行與海關(guān)工作有關(guān)的各項法律法規(guī)和政策規(guī)定，督促、檢查所屬各部門各項工作，反饋執(zhí)行結(jié)果。

（三）承擔轄區(qū)進出境運輸工具、貨物、物品、人員、各類海關(guān)監(jiān)管作業(yè)場所的實際監(jiān)管，開展海關(guān)檢查、檢驗、檢疫、檢測鑒定等現(xiàn)場處置。

（四）承擔轄區(qū)進出口關(guān)稅及其他稅費征收管理工作。

（五）承擔關(guān)區(qū)H986集中審像作業(yè)。

（六）承擔關(guān)區(qū)稽查作業(yè)相關(guān)業(yè)務。

（七）承擔關(guān)區(qū)企業(yè)稽查工作；承擔南寧市企業(yè)管理、核查等工作；承擔轄區(qū)保稅監(jiān)管業(yè)務、主動披露工作。

（八）承擔轄區(qū)出入境衛(wèi)生檢疫、出入境動植物及其產(chǎn)品檢驗檢疫工作。

（九）承擔轄區(qū)進出口商品法定檢驗工作，開展進口食品、化妝品檢驗檢疫和監(jiān)督管理，依據(jù)雙邊、多邊協(xié)議實施出口食品相關(guān)工作。

（十）承擔轄區(qū)風險信息收集、分析、反饋工作，執(zhí)行各項風險處置措施。

（十一）承擔轄區(qū)業(yè)務數(shù)據(jù)采集、數(shù)據(jù)核查、分析研究、統(tǒng)計數(shù)據(jù)對外提供工作。

（十二）承擔本關(guān)黨的基層組織建設和干部隊伍建設。

（十三）承擔本關(guān)人事、政工、監(jiān)察、督審及技術(shù)運維有關(guān)工作。

（十四）承擔本關(guān)經(jīng)費、財務、車輛、裝備、國有資產(chǎn)及基建維修。

（十五）承擔與轄區(qū)所在地的地方黨政機關(guān)及其他各相關(guān)單位的各類工作聯(lián)系，承辦轄區(qū)外事有關(guān)工作。

（十六）完成南寧海關(guān)交辦的其他工作。

機構(gòu)設置：邕州海關(guān)設12個正科級機構(gòu)：辦公室（黨委辦公室）、綜合業(yè)務科、監(jiān)管科、集中審像一科、集中審像二科、企業(yè)管理與核查科、稽查一科、稽查二科、稽查三科、審核科、財務科、人事政工科（黨委組織宣傳部）。