目前電子稅務(wù)局提供三種扣款方式（自動(dòng)扣款（預(yù)約或不預(yù)約）、手動(dòng)扣款）
（1）自動(dòng)扣款（預(yù)約）：在各稅費(fèi)種申報(bào)完畢點(diǎn)擊全申報(bào)后（此時(shí)申報(bào)狀態(tài)為已申報(bào)（未導(dǎo)入）的狀態(tài)），用戶可以點(diǎn)擊“預(yù)約扣款”按鈕（全申報(bào)按鈕右邊），選擇自定義扣款時(shí)間（不能預(yù)約征期最后一天），到了預(yù)約時(shí)間，系統(tǒng)就會(huì)自動(dòng)發(fā)起扣款任務(wù)。如該申報(bào)表已導(dǎo)入金三系統(tǒng)，則不能再發(fā)起預(yù)約扣款（目前地方稅費(fèi)只有部分報(bào)表已放置預(yù)約扣款按鈕，如增值稅申報(bào)表等）。另預(yù)約扣款只針對已簽訂三方協(xié)議的納稅人，且按次申報(bào)的稅種申報(bào)表目前尚未添加預(yù)約扣款按鈕！
（2）自動(dòng)扣款（不預(yù)約）：針對未選擇預(yù)約扣款的欠稅數(shù)據(jù)，等申報(bào)狀態(tài)轉(zhuǎn)為已申報(bào)（已導(dǎo)入），系統(tǒng)就會(huì)自動(dòng)發(fā)起扣款任務(wù)；或者之前有扣款失敗的欠稅數(shù)據(jù)，系統(tǒng)也會(huì)自動(dòng)放入扣款隊(duì)列里，分時(shí)間段滾動(dòng)發(fā)起任務(wù)。
（3）手動(dòng)扣款：申報(bào)狀態(tài)轉(zhuǎn)為已申報(bào)（已導(dǎo)入）（即已導(dǎo)入金三中，金三征收開票處可以看到此稅款）后，除了系統(tǒng)自動(dòng)扣款外，也可以手動(dòng)扣款。功能在我要辦稅-稅費(fèi)申報(bào)及繳納-稅款繳納（左側(cè)），用戶可以在此處自由選擇扣款條數(shù)，系統(tǒng)根據(jù)所選的稅種歸屬自動(dòng)調(diào)用三方協(xié)議進(jìn)行扣款。